| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|
| 1 | いわきFC | 68 | +34 |
| 2 | Honda FC | 64 | +42 |
| 3 | ヴェルスパ大分 | 59 | +20 |
| 4 | ソニー仙台FC | 48 | +14 |
| 5 | F.C.大阪 | 48 | +5 |
| 6 | FCティアモ枚方 | 48 | +1 |
| 7 | 鈴鹿ﾎﾟｲﾝﾄｹﾞｯﾀｰｽ | 47 | +1 |
| 8 | 松江シティFC | 47 | 0 |
| 9 | ラインメール青森 | 42 | -9 |
| 10 | 奈良クラブ | 40 | +2 |
| 11 | ヴィアティン三重 | 40 | -1 |
| 12 | MIOびわこ滋賀 | 37 | -11 |
| 13 | 高知ユナイテッドSC | 33 | -15 |
| 14 | FCマルヤス岡崎 | 33 | -18 |
| 15 | 東京武蔵野ﾕﾅｲﾃｯﾄﾞFC | 29 | -17 |
| 16 | ホンダロックSC | 27 | -21 |
| 17 | FC刈谷 | 18 | -27 |