| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|
| 1 | ヴェルスパ大分 | 32 | +11 |
| 2 | テゲバジャーロ宮崎 | 28 | +11 |
| 3 | ソニー仙台FC | 26 | +3 |
| 4 | Honda FC | 22 | +8 |
| 5 | 鈴鹿ﾎﾟﾝﾄｹﾞｯﾀｰｽﾞ | 21 | +4 |
| 6 | ヴィアティン三重 | 21 | ＋1 |
| 7 | いわきFC | 21 | 0 |
| 8 | FC大阪 | 20 | 0 |
| 9 | MIOびわこ滋賀 | 20 | -4 |
| 10 | 松江シティFC | 20 | -6 |
| 11 | 東京武蔵野シティFC | 19 | -2 |
| 12 | ホンダロックSC | 19 | -6 |
| 13 | 奈良クラブ | 18 | 0 |
| 14 | 高知ユナイテッドSC | 16 | -3 |
| 15 | ラインメール青森 | 16 | -9 |
| 16 | FCマルヤス岡崎 | 15 | -8 |