| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|
| 1 | Honda FC | 15 | +8 |
| 2 | ヴェルスパ大分 | 15 | +6 |
| 3 | いわきFC | 13 | +1 |
| 4 | 松江シティFC | 12 | -4 |
| 5 | テゲバジャーロ宮崎 | 11 | +5 |
| 6 | FC大阪 | 10 | +3 |
| 7 | MIOびわこ滋賀 | 10 | +3 |
| 8 | ソニー仙台FC | 10 | -2 |
| 9 | ホンダロックSC | 10 | -4 |
| 10 | 東京武蔵野シティFC | 8 | +2 |
| 11 | 奈良クラブ | 8 | +1 |
| 12 | 鈴鹿ﾎﾟﾝﾄｹﾞｯﾀｰｽﾞ | 8 | -1 |
| 13 | ヴィアティン三重 | 8 | -2 |
| 14 | ラインメール青森 | 5 | -6 |
| 15 | FCマルヤス岡崎 | 4 | -5 |
| 16 | 高知ユナイテッドSC | 3 | -5 |