| 順位 | チーム名 | 勝点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|
| 1 | いわきFC | 38 | +19 |
| 2 | Honda FC | 34 | +18 |
| 3 | ソニー仙台FC | 29 | +14 |
| 4 | FCティアモ枚方 | 28 | +10 |
| 5 | ラインメール青森 | 27 | +3 |
| 6 | F.C.大阪 | 26 | +2 |
| 7 | ヴェルスパ大分 | 25 | +9 |
| 8 | ヴィアティン三重 | 24 | +2 |
| 9 | 松江シティFC | 24 | +1 |
| 10 | 高知ユナイテッドSC | 22 | -11 |
| 11 | FCマルヤス岡崎 | 21 | -1 |
| 12 | 鈴鹿ﾎﾟｲﾝﾄｹﾞｯﾀｰｽ | 21 | -6 |
| 13 | 奈良クラブ | 18 | +1 |
| 14 | MIOびわこ滋賀 | 18 | -13 |
| 15 | ホンダロックSC | 14 | -15 |
| 16 | 東京武蔵野ﾕﾅｲﾃｯﾄﾞFC | 11 | -14 |
| 17 | FC刈谷 | 8 | -19 |